MODELLER 9v4 (copyright © 1989-2008 Andrej Sali)

MODELLER è utilizzato in lavori di Homology Modelling per la realizzazione di strutture tridimensionali di proteine. L'utilizzatore fornisce al programma un allineamento tra la sequenza che deve essere modellata (target) e la sequenza della proteina a struttura nota (templato), MODELLER calcolerà automaticamente un modello tridimensionale della proteina target, privo degli atomi di idrogeno, mediante un metodo chiamato "satisfaction of spatial restraints". Il programma può effettuare molte manzioni supplementari di utilità: il "de novo modeling of loops" per la struttura proteica realizzata, l'ottimizzazione del modello della proteina rispetto alla funzione che ne definisce la flessibilità, multiallineamento di sequenze e/o strutture, clustering, ricerca di sequenze in banca dati, confronto di strutture proteiche ed altro ancora.

MODELLER lavora perfettamente su tutte le seguenti piattaforme hardware:

GNU/Linux
Windows 98se/2000/XP
OSX Apple Macintosh
Linux Itanium2 & x86_64
IRIX Silicon Graphics
Solaris Sun
AIX IBM
Tru64 Alpha

Modeller-9v4 è disponibbile per il Download al seguente indirizzo:
http://salilab.org/modeller/download_installation.html. Il programma richiede una password di utilizzo che verrà rilasciata all'utente, effettuando una semplice registrazione al sito ufficiale.


INSTALLAZIONE su Sistema Linux

1] Scaricare il file modeller-9v4.tar.gz all'interno di una directory.

2] Aprire un Terminale e portarsi all'interno della directory dove si trova il file.

3] Scompattare il file utilizzando il seguente comando:

tar -zxvf modeller-9v4.tar

4] Portarsi all'interno della directory ./modeller-9v4 e avviare lo script di installazione:

./Install

Modeller-9v4 necessita delle librerie di sistema glibc-2.3.


MODELLER funziona a riga di comando. Diverse interefacce grafiche sono disponibili da Accelrys ma il loro costo è tutt'altro che banale. Se si sceglie di utilizzare il programma da riga di comando, un buon manuale ufficiale è disponibile in formato [PDF]. Per chi desidera cominciare ad utilizzare il programma, mettiamo a disposizione alcune slide realizzate dal Dipartimento di Bioinformatica - Structural Genomics Unit - Prince Felipe Resarch Center (CIPF), Valencia, Spain, in formato [PDF].

Esiste anche un Server automatico per il Comparative Protein Structure Modeling che, mediante una semplice interfaccia web, avvia un completo lavoro di Homology Modelling sulla sequenza di interesse utilizzando MODELLER. Il suo nome è ModWeb e lo trovate all'indirizzo seguente: http://salilab.org/modweb. L'utilizzo del sudetto server richiede una password di utilizzo che verrà rilasciata effettuando una semplice registrazione al sito ufficiale.