Non sei collegato (collegati)

Vanilla 1.1.4 is a product of Lussumo. More Information: Documentation, Community Support.



Programmazione e BIO-Software: Algoritmo MapReduce di Google...

Fondo pagina

da 1 a 10 su 10

  1.  
    • CommentAuthorgeniac
    • CommentTime4 Dec 2007
     
    Sapete se qualcuno ha mai pensato di utilizzare l'algoritmo MapReduce di Google per applicazioni in Bioinformatica (riconoscimento, allienamento, ecc)??
    • CommentAuthorSoviet
    • CommentTime4 Dec 2007
     
    No, lo puoi descrivere?
    • CommentAuthorgeniac
    • CommentTime4 Dec 2007
     
    MapReduce è un modello di programmazione distribuita (solitamenre su cluster) per processare grandi quantità di dati. E' usato da google per processare le richieste sul suo enorme database (praticamente tutto il web...).

    Il modello si compone fondamentalmente di 2 parti; la prima (MAP), produce in parallalo, un insieme intermedio di risultati (chiave, valore) che rappresenta la soluzione al problema sul singolo nodo. La seconda (Reduce), processa in parallelo i campi "valore" restituiti da Map. Attenzione...Reduce non rappresenta un collo di bottiglia perchè non è un'entità che raccoglie i risultati di Map e li processa in modo sequenziale, è semplicemente la "raccolta" dell'output concorrente di Map...è questa la magia :-)

    Qualche link interessante:
    http://seminari.gulch.crs4.it/slides/mapreduce.pdf
    http://labs.google.com/papers/mapreduce.html
    http://labs.google.com/papers/mapreduce-osdi04-slides/index.html

    Se la cosa vi interessa posiamo approfondire.
    • CommentAuthorvoid
    • CommentTime5 Dec 2007
     
    Ciao geniac, grazie per la segnalazione, ho letto qual' cosa di sfuggita su MapReduce un pò di tempo fa, così su due piedi, ma ripeto ne so molto poco, mi sembra abbia dei limiti per applicazioni di riconoscimento e allineamento di sequenze, magari per la bionformatica andrebbe un pò rivisto, tu hai gia lavorando con questo modello? Ciao.
    • CommentAuthorgeniac
    • CommentTime5 Dec 2007
     
    ciao void,
    no non ci ho mai lavorato prima. Fino ad oggi non sono riuscito a trovare nessun riferimento ad applicazioni in bioinformatica. Se riesci ad indicarmi dei riferimenti te ne sarei grato, anche critiche negative, limiti del modello ecc.
    a presto
    • CommentAuthorgeniac
    • CommentTime5 Dec 2007
     
    per gli amanti di python...ho trovato delle simpatiche implementazione di MapReduce sul framework Hadoop tutte in python...hehhehehe

    http://www.michael-noll.com/wiki/Writing_An_Hadoop_MapReduce_Program_In_Python

    Esistono comunque inplementazioni in molti linguaggi (da C++ a Java). Lo stesso framwork Hadoop è in java.
    Non per ultima nu tool per eclipse (chi lavora in java lo consce).....
    • CommentAuthorgeniac
    • CommentTime5 Dec 2007
     
    L'unica cosa trovata vicina all'argometo è questa:
    http://abcgrid.cbi.pku.edu.cn/

    Ancora non so "quanto" si basa su MapReduce...
    • CommentAuthorgeniac
    • CommentTime12 Dec 2007
     
    qualcuno puo' scaricare graturitamente questo paper??
    http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/btm086v1.pdf
    • CommentAuthormorpheus
    • CommentTime13 Dec 2007
     
    Vedo se la nostra Università ha accesso a Bioinformatics e te lo scarico io ;)
    L'articolo in questione è: ABCGRID: Application for Bioinformatics Computing Grid.
    • CommentAuthorgeniac
    • CommentTime13 Dec 2007
     
    Grazie morpheus,
    si è quello, dovrebbe essere una delle pubblicazioni sul progetto di cui al link
    http://abcgrid.cbi.pku.edu.cn/

    da quanto ho capito l'algoritmo su cui si basa deriva da MapReduce....

da 1 a 10 su 10

  1.