Non sei collegato (collegati)
Vanilla 1.1.4 is a product of Lussumo. More Information: Documentation, Community Support.
-
- CommentAuthorkatia
- CommentTime5 Dec 2007
Salve a tutti, premetto che sono un biologo e non un bioinformatico ma ho necessità di fare alcune indagini su alcuni domini presenti all'interno di un fattore di trascrizione “upstream”.
Ho provato alcuni programmi come PFAM o Simple Modular Architecture Research Tool ma sono per me troppo complessi :( e non riesco ad ottenere ciò che cerco.
Potreste consigliarmi il programma più semplice da utilizzare?
Grazie a chiunque voglia rispondermi. -
- CommentAuthormorpheus
- CommentTime5 Dec 2007
Ciao katia e benvenuta,
i server che hai citato (PFAM e SMART) sono ottimi ma, poichè molto ricchi di funzionalità, spesso appaiono complicati.
Se il tuo scopo è quello di effettuare una analisi dei domini conservati all'interno della sequenza aminoacidica del tuo fattore di trascrizione, potresti utilizzare l'ottimo tool messo a disposizione da NCBI:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi
Inserisci la tua sequenza, seleziona il database per la ricerca (CDD di default) e otterrai un output grafico molto intuitivo e ricco di informazioni.
Se poi vuoi sapere se esistono in banca dati altre proteine con gli stessi domini presenti nella tua puoi utilizzare CDART (Conserved Domain Architecture Retrieval Tool)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/lexington/lexington.cgi?cmd=rps
Spero di esserti stato utile. -
- CommentAuthorkatia
- CommentTime6 Dec 2007
Ho provato ad eseguire l'analisi con il tool ncbi.
Molto meglio !!!
Grazie della dritta morpheus.
da 1 a 3 su 3