Il termine Dinamica Molecolare indica quell’insieme di tecniche computazionali di simulazione che, mediante l´integrazione delle equazioni del moto, permette di studiare la dinamica di evoluzione di un sistema fisico a livello atomico.
Era il 1997 quando sulla prestigiosa rivista Nature apparve il primo lavoro di Dinamica Molecolare condotto su una proteina di interesse biologico, la Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor (BPTI). Troppi erano però i limiti e le approssimazioni dovuti essenzialmente alla insufficiente potenza elaborativa dei calcolatori di quel tempo: la poco accurata struttura cristallografica della proteina in questione, la simulazione condotta nel vuoto, i potenziali intramolecolari particolarmente semplificati e la possibilità di simulare solo per tempi brevi (intorno ai 9 ps), portarono inevitabilmente a risultati con poca significatività. Era però nata una nuova entusiasmante era in cui la visione delle bio-molecole come strutture apparentemente rigide, lasciava il posto a modelli dinamici i cui moti interni ed i cambiamenti conformazionali risultanti, giocano un fondamentale ruolo nella comprensione della loro funzione. L'avvento delle macchine ad architettura parallela ed i potenti software operativi disponibili hanno oggi radicalmente mutato il quadro entro cui operano i ricercatori in questo settore, aprendo numerose e sofisticate possibilità di indagine molecolare diretta.
